Natura 2000 est un programme européen qui vise à préserver les habitats et espèces d’intérêt communautaire, c'est-à-dire rares ou menacés à l’échelle de l’Europe, même s’ils ne le sont pas forcément au niveau local. Sur chaque site, le but est de favoriser le maintien de la biodiversité tout en tenant compte des exigences scientifiques, économiques, sociales, culturelles et régionales.
Chaque site est géré de manière partenariale et volontaire avec la création d’un Comité de Pilotage (COPIL). Celui-ci est constitué par les acteurs locaux (scientifiques, pêcheurs, chasseurs, élus, associations, riverains…) qui travaillent de manière concertée aux décisions stratégiques pour la préservation du site. Le COPIL s’appuie sur un document de gestion appelé DOCOB (document d’objectifs) qui contient un programme d’actions de restauration, d’entretien, de suivi et de communication.
Il a été désigné en 2007 comme structure animatrice du DOCOB du site « Tourbière et lac de Lourdes ». Depuis 2010 il assure également l’animation du DOCOB du site « Gaves de Pau et de Cauterets »